系指Southern建立的分子杂交技术而言。该技术的要点是大分子DNA经限制性内切酶降解、琼脂糖凝胶电泳分离后，将凝胶上的分离谱经0.5N NaOH变性处理后，按原样转移至硝酸纤维膜上(该膜能与DNA片段牢固结合)，再与标记探针进行分子杂交，由自显影得到杂交图谱。此法是进行内切酶酶切图谱分析所不可缺少的技术，目前已被广泛应用。
Southern印迹杂交Southern blot hybridization
是DNA与DNA杂交时常用的一种方法。将电泳分离的待测DNA片段转印并结合到一定的固相支持物上，然后用标记的DNA探针检测样本DNA。1975年由美国爱丁堡大学的Southern建立该方法，因此而得名。基本操作步骤是：
❶制备待测DNA;
❷待测DNA样品的电泳分离；
❸凝胶中核酸的变性；
❹Southern转膜；
❺探针的制备；
❻Southern杂交；
❼杂交结果的检测。利用Southern印迹杂交技术可进行克隆基因的酶切图谱分析，基因组中特定基因的定性和定量，基因突变分析及限制性片段长度多态性*(RFLP)分析等，进而在分子克隆、遗传病诊断、法医学、肿瘤的基因水平研究和移植等方面发挥重要作用。