系指机体免疫系统对自己与非自己抗原分子有识别能力而言。此种功能是在个体发生中获得的，由免疫细胞来完成。B淋巴细胞的抗原识别受体为膜表面的免疫球蛋白，T细胞抗原识别受体尚不清楚。正常情况下机体对非已抗原可形成正免疫应答，并可产生排斥反应；而对自己抗原形成自身耐受负免疫应答，不产生排斥反应。当免疫识别功能发生紊乱时则不能识别异己，可使免疫功能低下，发生某些疾病；如对自身抗原视为异己抗原而发生反应，则可发生自身免疫性疾病等。
免疫识别
免疫识别是指免疫系统对抗原物质的辨认。免疫系统在发挥免疫功能的过程中，免疫识别是个重要的前提，尤其重要的是首先识别自己而不是非己。目前认为，在胚胎时期机体的自身抗原与免疫细胞表面受体接触后，可使这些细胞失活而处于受抑制的状态，只有那些与自身抗原无受体关系的克隆才能发展成为对非己物质的识别(参见“抗体”)。在此基础上，当某种与自身物质有微小差异的非己物质进入机体时，免疫系统即可对其发生正相或负相免疫应答。其次，免疫效应系统如免疫细胞或抗体对遇到的抗原是否发生应答，也取决于其识别能力。现代免疫学提出的双识别学说认为，一个抗原作用于免疫细胞时，要有两个识别信号，才能出现免疫应答，这就从另一方面解释了多数免疫应答不会超出正常范围的现象，从而增加了免疫应答的保险系数。