摆动配对

在tRNA的反密码子识别mRNA上密码子时，反密码子第一位碱基和密码子第三位碱基配对，除仍可作Wa-tson-Crick配对外，尚有G配对U和Ⅰ（次黄嘌呤）配对C、U或A的。 这就是摆动配对意谓此等非常规配对要有糖苷键的角度和距离的某些变动。而反密码子第二、三位碱基和密码子上第一、二位碱基配对要按常规的Watso-n-Crick方式，即G配C和A配U。

摆动配对规则

反密码子第 一位核苷酸 （摆动核苷酸）	密码子第三位核苷酸
	Watson-Crick 配对	摆动配对	不容许的配对
U	A	G	U、C
C	G	-	U、C、A
I G	C C	U、A U	G A、G

摆动配对先是一种假说，即“摆动假说”，由于观察到同义密码子 （为同一氨基酸编码的不同密码子） 绝大多数只是第三位碱基不相同，同时还观察到同一机体内的tRNA数目小于密码子总数61，只有约40种；如此则一个tRNA要识别多于1个密码子而又要保持翻译忠实性，遂有摆动假说。次黄嘌呤之出现在反密码子第一位碱基上也是有力的佐证。如图所示，C与I的配对是C与G配对的变异，仍可归为Watson-Crick配对，其他配对则迥然相异。和GC配对及AU配对这两种常规配对相比，摆动配对的相互作用力较弱：G:C比G:U和I:C强10倍；G:C比I:U强50倍；G:U也比I:U强4倍；I和C、U及A配对时作用力的比是24:6:1。I既可与C、U和A配对，非密码子族(参见“简并性”)的反密码子如有I作为第一位碱基(该位置上的A均经酶促脱氨而成I)，就要出现密码子错读；但迄今发现凡含I的反密码子均属识别密码子族者，如缬氨酸(GUN)、丝氨酸(UCN)。例外是异亮氨酸的tRNA，其反密码子第一位碱基是I，不过异亮氨酸有三个密码子，UAU、UAC和UAA，正好为I所摆动配对；而I也恰好不能与G配对，所以不致误读了UAG（甲硫氨酸密码子）。