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系指胃肠道的免疫功能而言。胃肠道有独立的免疫系统，淋巴网状组织有免疫活性、有大量浆细胞，能产生免疫抗体，能对侵入消化道的某些病原体发生免疫作用，抑制疾病的发生。如自身免疫组织遭到破坏或产生抗体功能低下则易发生肠道疾病。
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