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限制性内切核酸酶是基因工程最重要的工具酶，可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型，主要从原核生物提取。其中II型酶能识别DNA中特异性核苷酸顺序(常为4～6bp，具有回文序列的DNA片段)和切断双链DNA。多数限制酶错位切开双链DNA，产生5′ 或3′ 端的单链互补顺序，称为5′ 或3′ 黏性末端*，少数沿对称轴切开，产生平头末端。参见“限制性内切核酸酶”。
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