（一）中央财政资金

用于农业综合开发的中央财政资金最早来源于1987年国务院决定开征的耕地占用税，按照“取之于土，用之于土”的原则，建立了国家土地开发建设基金，用于土地开发建设。1988年，国务院又决定建立农业发展基金，资金来源由原来的耕地占用税1项扩大为6项，资金预算从支援农村建设科目列支。1995年后，农业综合开发资金列入各级财政预算科目，农业综合开发中央财政资金主要来源于国家财政预算农业综合开发资金科目和从地方回收的农业综合开发中央财政有偿资金。1990—1994年中央投入云南省农业综合开发的财政资金实行50%有偿使用。1995年后，中央投入云南省农业综合开发的财政资金实行40%的有偿使用。1990—1998年中央共投入云南省农业综合开发财政资金41 920万元。