（一）天然水质
河南省天然水质主要受土壤岩性及植被影响，同时也受降水量及蒸发量的影响。淮河流域、长江流域山丘区的水体离子总量较低，其他地区的水体离子总量均在300毫克/升以上，尤其是黄河背河洼地以及豫北、豫东平原部分排水不良地区，可达到或超过400毫克/升。水质类型由一般的钙型到钠型。
伏牛山、大别山的萤石矿分布带，距地表较近的水体中氟离子含量偏高，一般为3～4毫克/升，特高区可达7～8毫克/升。上述水流汇集地区也受高氟影响，尤其是豫北、豫东平原、南阳盆地受水的积聚、蒸发等作用，地表水含氟量一般为3～4毫克/升，特高区6～7毫克/升；地下水含氟量一般为0.5～2.0毫克/升，特高区在2毫克/升以上。出现人体氟病的村庄有8 348个。
伏牛山、太行山山区，水中含碘量、含硒量偏低，易发生甲状腺肿及大骨节症等地方病。