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菌株(Strains)根据细菌命名法则，指细菌单细胞分离后的纯培养物。
可以从自然界中纯种分离而来，也可以在实验室中通过诱变而来。现已广泛应用于各类微生物。
常以编号、字母、地名或人名等表示。例如，产生青霉素的产黄青霉菌(Penicillium chrysogenum)，诱变后获得的不产生色素的菌株，曾以青霉菌“133”编号表示。
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