（三） 遭受挫折阶段1966—1974年

1966年开始的“文化大革命”，使北京农业科研事业饱受催残。科技人员下放劳动，接受“再教育”，1968年11月原来的8个独立的研究所被精简合并为北京市农业科学研究所，科研队伍由几百人削减到百十多人，科研仪器、资料大量失落，打乱了正常的科研秩序。
1971年初，中国农业科学院将该院作物育种栽培研究所、蔬菜研究所和农业气象研究室下放到北京市，与北京市农业科学研究所的相关研究室合并。这使北京市农业科研力量得到了充实，北京市农业科学研究所的职工总数达700余人，其中研究人员470人。全所下设作物、蔬菜、畜牧兽医、土肥、农机化、新技术、气象等7个专业研究室。全所科研人员实行“三三制”，即1/3留所内基地从事试验研究；1/3下乡蹲点，与群众结合搞农业科学试验；1/3跑面，搞调查研究，总结群众经验，配合农业学大寨推广科学种田经验。